工資及退休相關的問題？（遼寧大連）

我父親于1979年開始在一家國有企業工作，直到2008年，公司體制改革，應該是變成了私人公司（改名為XX有限公司）。由于父親一直有輕度的抑郁癥（不是總發作），經過叔叔和廠里領導的商量（本人當時在日本），寫了一張有現任廠長和當時車間主任，還有我叔叔簽字的協議，大體內容是，我父親可以不上班，仍然享受在職職工的待遇。可是從那以后（2008年2月），一直到現在，一個月的工資也沒給我父親發。當然，我父親也一直沒有上班，原因就是由那張協議的存在，去了工廠，反而惹得人家不高興。。。
2011年9月，我父親就年滿60周歲，退休的年紀。
我想知道的是：
1。那張協議有沒有法律效力？我父親將近3年的工資能不能要回來？
2。如果那張協議沒有作用，按照現在同廠子的關系，我父親的退休手續應該怎么辦理？什么時間辦理？（估計廠子不能給辦）
3。如果廠子最近這3年的時間，沒有給交養老保險/醫療保險之類的，是不是會影響退休？如何解決？（廠子沒有給我們任何通知）
謝謝幫助！

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