關于離職違約的事情

我在文思實習了幾個月，簽訂了三方協議，然后七月初轉正簽了就業勞動合同，試用期三個月。現在在試用期。我覺得工資太低了，沒有一絲福利。而且我回校答辯回來，公司居然把我的實習補助全扣了。我想不通，現在提出離職，文思還欠我兩三千工資，但HR拿三方和就業勞動合同威脅我，說不準辭職，辭職就屬違約，那兩三千付違約金都差點。我該怎么辦？